18. USBメモリ駆動のNGS解析環境構築済みlinux

久世

『はじめに』

 次世代シークエンサー技術の進歩により、NGS解析を行う研究者が増えています。しかし、解析ソフトの準備は煩雑であり、また有名なフリーソフトの多くはlinux環境での動作となりwindows環境では使用できません。
 弊社ではこの問題を解決するために、あらかじめいくつかの主要なソフトをインストールし、すぐにでも解析を開始できるような環境をUSBメモリにインストールした製品を開発しました。研究室等でお使いのPCの設定を少し変更した状態で、USBメモリを接続してPCの電源をいれるとすぐに解析を始めることができます。
 学生の教育用、簡単な解析やこれからNGS解析を始める方に最適な製品となっております。

『インストールソフト一覧と製品概要』

 下記の表に記載したソフトがインストール済みです。RNA-seq、RAD-seq、Chip-seq、SNP解析等を行うことができます。
また、Windows上で保存・作成したファイルにアクセスすることも可能です。よってWindows上で解析用のデータを取得し、本製品で解析を行うといった手法が可能です。
 お使いのWindows PCのBIOS設定項目<Boot(ディスクの起動順位)>にて、USBメモリの優先度をHDDより高く設定します。設定を変更した状態で本製品をUSBポートに接続しPCの電源を入れると解析環境が構築済みのlinuxが起動します。

*処理能力はお客様のお使いのPC環境により異なります。
*データの容量によっては、大容量のHDDを準備する必要があります。

表1 インストールソフト一覧
カテゴリインストールプログラム概要
前処理FastQCFASTQファイルのクオリティチェック
前処理FASTX-ToolkitFASTQ形式のファイル操作を行う
前処理Trimmomaticリードのトリミング処理
ファイル操作bedtoolsBED形式のファイル操作
ファイル操作SAMtoolsSAM形式のファイル操作
マッピングBowtieマッピング
マッピングBowtie2マッピング
マッピングBurrows-Wheeler Aligner (BWA)マッピング
RNA-SeqAssembly By Short Sequences (ABySS)de novo アセンブル
RNA-SeqRNA-Seq by Expectation-Maximization (RSEM)発現量算出
RNA-SeqShort Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) denovode novo アセンブル
RNA-SeqTrinityde novo アセンブル
RNA-SeqVelvetde novo アセンブル
RAD-SeqpyRADRAD-seq クラスタリング、系統解析
RAD-SeqStacks遺伝子地図作成、集団遺伝・系統地理学的解析、RAD-Seq
ChiP-SeqModel-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)ChiP-Seq
SNPBeagle遺伝子型判定
SNPPLINKゲノムワイド関連解析
SNPTASSELESNP等のアソシエーション解析
クラスタリングCD-HITクラスタリング
相同性検索BLAST+相同性検索
ビューワーIntegrative Genomics Viewer (IGV)ゲノムビューワー
前処理fastuniq重複配列リードの削除
*2015/7/1時点のものです。

『カスタマイズ・解析サポート』

 追加でインストールしたいソフト等ございましたら弊社までお問い合わせください。また、NGS解析サポートや本製品を利用した教育サポートも行っておりますのでご興味のある方は弊社までお問い合わせください。