久世
はじめに
次世代シークエンサー技術の進歩により、NGS解析を行う研究者が増えています。しかし、解析ソフトの準備は煩雑であり、また有名なフリーソフトの多くはlinux環境での動作となりwindows環境では使用できません。
弊社ではこの問題を解決するために、あらかじめいくつかの主要なソフトをインストールし、すぐにでも解析を開始できるような環境をUSBメモリにインストールした製品を開発しました。研究室等でお使いのPCの設定を少し変更した状態で、USBメモリを接続してPCの電源をいれるとすぐに解析を始めることができます。
学生の教育用、簡単な解析やこれからNGS解析を始める方に最適な製品となっております。
インストールソフト一覧と製品概要
下記の表に記載したソフトがインストール済みです。RNA-seq、RAD-seq、Chip-seq、SNP解析等を行うことができます。また、Windows上で保存・作成したファイルにアクセスすることも可能です。よってWindows上で解析用のデータを取得し、本製品で解析を行うといった手法が可能です。
お使いのWindows PCのBIOS設定項目
*処理能力はお客様のお使いのPC環境により異なります。
*データの容量によっては、大容量のHDDを準備する必要があります。
表1 インストールソフト一覧
| カテゴリ | インストールプログラム | 概要 |
|---|---|---|
| 前処理 | FastQC | FASTQファイルのクオリティチェック |
| 前処理 | FASTX-Toolkit | FASTQ形式のファイル操作を行う |
| 前処理 | Trimmomatic | リードのトリミング処理 |
| ファイル操作 | bedtools | BED形式のファイル操作 |
| ファイル操作 | SAMtools | SAM形式のファイル操作 |
| マッピング | Bowtie | マッピング |
| マッピング | Bowtie2 | マッピング |
| マッピング | Burrows-Wheeler Aligner (BWA) | マッピング |
| RNA-Seq | Assembly By Short Sequences (ABySS) | de novo アセンブル |
| RNA-Seq | RNA-Seq by Expectation-Maximization (RSEM) | 発現量算出 |
| RNA-Seq | Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) denovo | de novo アセンブル |
| RNA-Seq | Trinity | de novo アセンブル |
| RNA-Seq | Velvet | de novo アセンブル |
| RAD-Seq | pyRAD | RAD-seq クラスタリング、系統解析 |
| RAD-Seq | Stacks | 遺伝子地図作成、集団遺伝・系統地理学的解析、RAD-Seq |
| ChiP-Seq | Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) | ChiP-Seq |
| SNP | Beagle | 遺伝子型判定 |
| SNP | PLINK | ゲノムワイド関連解析 |
| SNP | TASSELE | SNP等のアソシエーション解析 |
| クラスタリング | CD-HIT | クラスタリング |
| 相同性検索 | BLAST+ | 相同性検索 |
| ビューワー | Integrative Genomics Viewer (IGV) | ゲノムビューワー |
| 前処理 | fastuniq | 重複配列リードの削除 |
*2015/7/1時点のものです。
カスタマイズ・解析サポート
追加でインストールしたいソフト等ございましたら、弊社までお問い合わせください。また、NGS解析サポートや本製品を利用した教育サポートも行っておりますのでご興味のある方は弊社までお問い合わせください。