NGS Data Analysis
2015.07.31更新
データの制限 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
インポート可能な検体数 | Standard | 1,000 | |||||||
Pro | 5,000 | ||||||||
NGSデータのインポート | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
VCFファイル | ![]() | VCF ver.4.1、4.2に対応 | |||||||
フィルタリング | ![]() | QUAL,FILTERでフィルタリング可能 | |||||||
ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
解析可能な検体数 | Standard | 50 | |||||||
Pro | 3,000 | ||||||||
解析可能な集団数 | 2 | ||||||||
マンハッタンプロット | ![]() | Genotypeモデル、Alleleモデル、Recessiveモデル、Dominantモデルを選択可能 | |||||||
多型情報を考慮した分割表の自動集計 | ![]() | ||||||||
p-Valueの算出 | ![]() | ||||||||
効果量の算出 | ![]() | ||||||||
カイ二乗値の算出 | ![]() | ||||||||
自由度の算出 | ![]() | ||||||||
ジェノタイピングデータの出力 | ![]() | ||||||||
主成分分析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
解析可能な検体数 | Standard | 50 | |||||||
Pro | 3,000 | ||||||||
解析可能な集団数 | 32 | ||||||||
散布図の出力 | ![]() | ||||||||
集団の設定 | ![]() | ||||||||
解析後の表示検体の選択 | ![]() |
SNP and Haplotype Analysis
2015.07.31更新
データの制限 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
インポート可能な検体数 | Standard | 1,000 | |||||||
Pro | 10,000 | ||||||||
ジェノタイピングデータのインポート | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
Excelファイル | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() Excel2007(.xlsx形式)に対応 | |
タブ区切り テキストファイル | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
Biotage社 PSQ96エキスポートファイル | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
ABI社 PRISM7900 エキスポートファイル | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
データシートの複数展開 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 複数のデータシートを読み込み可 | |||
SNPAlyze Dataファイル (データと結果の一括保存&読み込み) | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||||
ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 10 | ||||||||
DNA多型情報の 集計方法の設定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 分割表のサイズの定義 | |
カイ二乗検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | カイ二乗値、P値の算出 | |
AICの利用 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
フィッシャーの正確確率検定(2×2) | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 2×2分割表の場合のみ | ||
フィッシャーの正確確率検定(m×n) | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | m×n分割表対応 | ||
オッズ比の算出 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 2×2分割表の場合のみ | |
クラスタリング | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | デンドログラムの出力、非類似度行列の出力 | |
解析結果をExcel形式で保存 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() Excel2007(.xlsx形式)に対応 | ||
Bootstrap法の利用 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力 | |
詳細結果の出力 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
多型情報を考慮した分割表の自動集計 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() Recessive,Dominantを考慮した自動集計は不可 | ||
多重検定の補正機能(FDR法) | ![]() | ![]() | ![]() | BH法、Bootstrap法を利用可 | |||||
連鎖不平衡解析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 1,000 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
ハプロタイプ頻度の出力 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | EMアルゴリズムの利用 | |
連鎖不平衡係数 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | D、D’、r2の算出 | |
カイ二乗検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | カイ二乗値、P値の算出 | |
AICの利用 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
連鎖不平衡のグラフィカルな表示 (グリッドに出力) | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
連鎖不平衡の グラフィカルな表示 (BMP表示) | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
解析結果を Excel形式で保存 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 連鎖不平衡のグラフィカルな表示(グリッドに出力のみ)
| |
Bootstrap法の利用 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力 | |
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
ハプロタイプ推定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | Standard | 30 | |||||||
Pro | 40 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
ハプロタイプ頻度の推定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | EMアルゴリズムの利用 | |
欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
各検体のディプロタイプ形の推定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
ディプロタイプ形の 分布の推定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
解析結果を Excel形式で保存 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() Excel2007(.xlsx形式)に対応 | |
Bootstrap法の利用 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力 | |
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
tagSNP同定機能 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() 代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力 | ||
各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
ハーディ・ワインベルグ平衡の検定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
カイ二乗検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | カイ二乗値、P値の算出 | |
詳細結果の出力 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
正確確率検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定 | |||
解析結果をExcel形式で保存 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
多重検定の補正機能(FDR法) | ![]() | ![]() | BH法、Bootstrap法を利用可 | ||||||
コクラン・アーミテージ・トレンド検定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 2 | ||||||||
カイ二乗検定 | ![]() | ![]() | カイ二乗値、P値の算出 | ||||||
詳細結果の出力 | ![]() | ![]() | |||||||
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | |||||||
解析結果をExcel形式で保存 | ![]() | ![]() | |||||||
多重検定の補正機能(FDR法) | ![]() | ![]() | BH法、Bootstrap法を利用可 | ||||||
ハプロタイプを用いた ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 10 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
集団間のハプロタイプ頻度の検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | Permutation法の利用 カイ二乗検定 | |
各ハプロタイプ頻度の 差の検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | Permutation法の利用 カイ二乗検定 | |
度数分布のグラフ出力 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||
マイクロサテライトへの対応 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||
オッズ比の算出 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | 2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ | ||
ハプロタイプブロック解析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 1,000 | ||||||||
Gabrielの方法 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
Four Gamete法 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
tagSNP同定機能 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
MAP表示 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
UserによるBlockの定義 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ||||
Block間の連鎖不平衡係数 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | Block間のD’値を表示 | |||
カイ二乗検定 | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | |||||
HealthSketchとの連携 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
ファイルを介したデータの受け渡し | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | ![]() | HealthSketch Ver.1.1以降が必要 | |||
単一SNPのロジスティック回帰分析 | ![]() | ![]() | ![]() | HealthSketch Ver.2.5以降が必要 |