各バージョンと機能の対応一覧(詳細)

各バージョンと機能の対応一覧(詳細)

NGS Data Analysis

2015.07.31更新

データの制限V3V4V5V6V7V8V9備考
インポート可能な検体数Standard      1,000 
Pro      5,000 
NGSデータのインポートV3V4V5V6V7V8V9備考
VCFファイル      可能VCF ver.4.1、4.2に対応
フィルタリング      可能QUAL,FILTERでフィルタリング可能
ケースコントロール研究V3V4V5V6V7V8V9備考
解析可能な検体数Standard      50 
Pro      3,000 
解析可能な集団数      2 
マンハッタンプロット      可能Genotypeモデル、Alleleモデル、Recessiveモデル、Dominantモデルを選択可能
多型情報を考慮した分割表の自動集計      可能 
p-Valueの算出      可能 
効果量の算出      可能 
カイ二乗値の算出      可能 
自由度の算出      可能 
ジェノタイピングデータの出力      可能 
主成分分析V3V4V5V6V7V8V9備考
解析可能な検体数Standard      50 
Pro      3,000 
解析可能な集団数      32 
散布図の出力      可能 
集団の設定      可能 
解析後の表示検体の選択      可能 

SNP and Haplotype Analysis

2015.07.31更新

データの制限V3V4V5V6V7V8V9備考
インポート可能な検体数Standard1,000 
Pro10,000 
ジェノタイピングデータのインポートV3V4V5V6V7V8V9備考
Excelファイル可能可能可能可能可能可能可能可能
 Excel2007(.xlsx形式)に対応
タブ区切り
テキストファイル		可能可能可能可能可能可能可能 
Biotage社
PSQ96エキスポートファイル		可能可能可能可能可能可能可能 
ABI社 PRISM7900
エキスポートファイル		可能可能可能可能可能可能可能 
データシートの複数展開  可能可能可能可能可能複数のデータシートを読み込み可
SNPAlyze Dataファイル
(データと結果の一括保存&読み込み)		   可能可能可能可能 
ケースコントロール研究V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数2,560 
同時に解析可能な集団数10 
DNA多型情報の
集計方法の設定		可能可能可能可能可能可能可能分割表のサイズの定義
カイ二乗検定可能可能可能可能可能可能可能カイ二乗値、P値の算出
AICの利用可能可能可能可能可能可能可能 
フィッシャーの正確確率検定(2×2) 可能可能可能可能可能可能2×2分割表の場合のみ
フィッシャーの正確確率検定(m×n) 可能可能可能可能可能可能m×n分割表対応
オッズ比の算出可能可能可能可能可能可能可能2×2分割表の場合のみ
クラスタリング可能可能可能可能可能可能可能デンドログラムの出力、非類似度行列の出力
解析結果をExcel形式で保存 可能可能可能可能可能可能可能
 Excel2007(.xlsx形式)に対応
Bootstrap法の利用可能可能可能可能可能可能可能カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力
詳細結果の出力 可能可能可能可能可能可能 
マイクロサテライトへの対応 可能可能可能可能可能可能 
多型情報を考慮した分割表の自動集計 詳細は備考を参照可能可能可能可能可能詳細は備考を参照
 Recessive,Dominantを考慮した自動集計は不可
多重検定の補正機能(FDR法)    可能可能可能BH法、Bootstrap法を利用可
連鎖不平衡解析V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数1,000 
同時に解析可能な集団数5 
ハプロタイプ頻度の出力可能可能可能可能可能可能可能EMアルゴリズムの利用
連鎖不平衡係数可能可能可能可能可能可能可能D、D’、r2の算出
カイ二乗検定可能可能可能可能可能可能可能カイ二乗値、P値の算出
AICの利用可能可能可能可能可能可能可能 
連鎖不平衡のグラフィカルな表示
(グリッドに出力)		可能可能可能可能可能可能可能 
連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
(BMP表示)		可能可能可能可能可能可能可能 
解析結果を
Excel形式で保存		可能可能可能可能可能可能可能連鎖不平衡のグラフィカルな表示(グリッドに出力のみ)

可能
 Excel2007(.xlsx形式)に対応

Bootstrap法の利用可能可能可能可能可能可能可能連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力
マイクロサテライトへの対応 可能可能可能可能可能可能 
ハプロタイプ推定V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数Standard30 
Pro40 
同時に解析可能な集団数5 
ハプロタイプ頻度の推定可能可能可能可能可能可能可能EMアルゴリズムの利用
欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定可能可能可能可能可能可能可能 
各検体のディプロタイプ形の推定可能可能可能可能可能可能可能 
ディプロタイプ形の
分布の推定		可能可能可能可能可能可能可能 
解析結果を
Excel形式で保存		可能可能可能可能可能可能可能可能
 Excel2007(.xlsx形式)に対応
Bootstrap法の利用可能可能可能可能可能可能可能ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力
マイクロサテライトへの対応 可能可能可能可能可能可能 
tagSNP同定機能 詳細は備考を参照可能可能可能可能可能詳細は備考を参照
 代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力
各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存     可能可能可能可能可能 
ハーディ・ワインベルグ平衡の検定V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数2,560 
同時に解析可能な集団数5 
カイ二乗検定可能可能可能可能可能可能可能カイ二乗値、P値の算出
詳細結果の出力 可能可能可能可能可能可能 
マイクロサテライトへの対応 可能可能可能可能可能可能 
正確確率検定  可能可能可能可能可能正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定
解析結果をExcel形式で保存  可能可能可能可能可能 
多重検定の補正機能(FDR法)     可能可能BH法、Bootstrap法を利用可
コクラン・アーミテージ・トレンド検定V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数     2,560 
同時に解析可能な集団数     2 
カイ二乗検定     可能可能カイ二乗値、P値の算出
詳細結果の出力     可能可能 
マイクロサテライトへの対応     可能可能 
解析結果をExcel形式で保存     可能可能 
多重検定の補正機能(FDR法)     可能可能BH法、Bootstrap法を利用可
ハプロタイプを用いた
ケースコントロール研究		V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数10 
同時に解析可能な集団数5 
集団間のハプロタイプ頻度の検定可能可能可能可能可能可能可能Permutation法の利用
カイ二乗検定
各ハプロタイプ頻度の
差の検定		可能可能可能可能可能可能可能Permutation法の利用
カイ二乗検定
度数分布のグラフ出力可能可能可能可能可能可能可能 
マイクロサテライトへの対応 可能可能可能可能可能可能 
オッズ比の算出 可能可能可能可能可能可能2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ
ハプロタイプブロック解析V3V4V5V6V7V8V9備考
同時に解析可能な座位数1,000 
Gabrielの方法  可能可能可能可能可能 
Four Gamete法  可能可能可能可能可能 
tagSNP同定機能  可能可能可能可能可能 
MAP表示  可能可能可能可能可能 
UserによるBlockの定義  可能可能可能可能可能 
Block間の連鎖不平衡係数  可能可能可能可能可能Block間のD’値を表示
カイ二乗検定   可能可能可能可能 
HealthSketchとの連携V3V4V5V6V7V8V9備考
ファイルを介したデータの受け渡し  可能可能可能可能可能HealthSketch Ver.1.1以降が必要
単一SNPのロジスティック回帰分析      可能可能可能HealthSketch Ver.2.5以降が必要