シーケンシング技術の進歩により大量のDNAライブラリが蓄積されるようになり、このライブラリを用いたのアレイ解析やリアルタイムPCR定量解析が盛んに行われています。
ところが、DNA配列の特異性を考慮しながら「プローブ」や「プライマー」の設計を行うのは非常に厄介な作業です。
ProbeQuestはこの問題を解決し、遺伝子配列データを投入するだけで遺伝子特異的領域の検出からオリゴ設計までを高速に自動実行するシステムです。
製品概要
遺伝子特異的領域の検出からオリゴDNA設計までを自動化
ProbeQuestは、他の発現遺伝子との相同性を考慮し、遺伝子特異的なオリゴプローブ/プライマーの設計を行うことが可能です。
また、最適化(優先順位付け)を行うことで、高品質なプローブ/プライマーセットを設計することができます。
オリゴ設計までの流れ
設計の具体的な流れは、以下のようになっています。
- 他の設計対象遺伝子、及び特異領域検出のためのマスキング配列(マスキングデータベース)との相同性検索をおこないます。
- 相同性検索の結果をもとに、遺伝子特異的領域を検出し、非特異的な領域をマスクします。
- マスクされていない領域から、設定されたパラメータをもとに、オリゴDNA設計を行います。
- 最適化(優先順位付け)により、オリゴDNAセットの高品質化を図ります。
主な特長
大量の配列をまとめて高速処理
ProbeQuestでは、DNAライブラリなどの大量の遺伝子配列から、まとめて、高速にオリゴDNAの設計を行うことができます。そのため、オリゴアレイ解析などの大量発現解析のツールには最適です。
遺伝子特異的領域の自動検出
他の設計対象遺伝子、及びマスキングデータベース配列(例:NCBI UniGene)との相同性を検索することによって、クロス・ハイブリダイゼーション、ミス・アニーリングを引き起こす可能性のある領域を自動的に除きます(マスキング)。 相同性検索の結果はグラフィカルに表示されるため、オリゴDNAの特異性の確認を容易に行うことができます。
【 オリゴ設計結果 】
柔軟な設計パラメータ
Tm、GC含量、長さといった通常の条件に加え、設計する位置や特異性などを設定でき、柔軟なプローブ、プライマー設計が可能です。設定可能なパラメータについては、機能説明ページのプローブ設計、プライマー設計をご覧ください。
最適化による高品質なオリゴ設計
Tm、GC含量などをもとにした最適化(優先順位付け)を行うことにより、特異的かつ、均質なプローブ設計が可能なため、質の高いハイブリダイゼーションが期待できます。下図の例では全体の96%のプローブがTm±0.5℃の範囲に入っています。
【Tmにより最適化されたプローブセット】
簡単便利なデータ編集
ProbeQuestは他のソフトウェアにないデータ編集機能を備えています。全長にわたる相同配列が存在するためなどの理由でオリゴDNAの設計が困難である場合、GUIを用いて相同配列の取捨を行うことができます。
【 データ編集機能 】
機能説明
プローブ設計
プローブ設計において設定可能なパラメータは以下のとおりです。
【 プローブ設計条件一覧 】
プライマー設計
プライマー設計において設定可能な設計パラメータは以下のとおりです。
【 プライマー設計条件一覧 】
プロジェクト管理
ProbeQuestでのオリゴ設計はプロジェクトを作成しその単位で行います。プロジェクトは設計対象遺伝子(データセット)とマスキングデータベースとを組み合わせて作成します。そのため同一のデータセットに対して、異なる条件を用いた設計、異なるバージョンのマスキングデータベースを用いて設計を行うことが可能です。
遺伝子/オリゴ検索
設計に使用した遺伝子配列、設計済みのオリゴ配列は、複数の検索条件により検索することができ、また、Excel形式でのダウンロードを行うことができます。
ユーザ管理機能
複数のユーザによる共同利用を目的としたユーザ管理機能を有し、使用者に対してクラスを割り当てることが可能です。データベース、プロジェクトに対してそれぞれ使用権限を設定することが可能です。
サーバ/クライアントシステム
ProbeQuestはサーバ/クライアントのシステム構成となっています。データ投入、設計パラメータ設定、設計実行、結果参照はすべてブラウザを通じて行うことができる運用が簡単なシステムです。
必要システム
| 項目 | 詳細 | ||
|---|---|---|---|
| 対応OS | サーバ | クライアント | |
| RedHat Linux (kernel 2.4以上) | Windows 98/Me NT4.0/2000/XP | Mac OS8.1以降 Mac OS X 10.1以降 | |
| メモリ | 1GB以上 | 256MB以上 | 256MB以上 |
| ハードディスク | 80GB以上の空き (OS+本ソフトウェア+データベース領域を含む) | 100MB以上の空き | 100MB以上の空き |
| その他 | クライアントは、閲覧環境として、Chrome、Firefox、Microsoft Edge、Safariがインストールされており動作する環境であること が必要です。 | ||
サポート
本製品のサポートにつきましては、基本的に年間保守契約となっております。
詳細につきましては、下記までお問い合わせください。
開発元
株式会社 ダイナコム
千葉県千葉市美浜区中瀬2-6-1
WBGマリブイースト25階
Tel : 043-213-8131
Fax : 043-213-8132