製品概要

シークエンスデータのアノテーションから、 DNAチップによる解析まで

GeneCompassは、相同性検索とモチーフ※1 検索をベースにしたアノテーション機能とGeneOntology™※2 にもとづく階層的分類機能により、トランスクリプトームや遺伝子発現研究の作業効率と解析精度を大幅に向上させます。

※1 モチーフとは、類似タンパク質に存在する局在的な共通配列のこと。特定の機能を発揮するのに必須な場合が多い。このためモチーフを探索することはタンパク質の機能予測に非常に有用。

※2 GeneOntology™ (GO)とは、遺伝子(Gene)の定義・分類の標準化を行ったもの。GOの導入により、遺伝子の分類や絞込み作業が自動化される。また、生物種間の比較も容易となる。

Gene Ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium (2000) Nature Genet. 25: 25-29 PDF Copyright (c) 1999-2002 Gene Ontology(TM) Consortium

主な特長

配列データファイルの投入

投入する配列として塩基配列とアミノ酸配列の双方が利用できます。

• 対応ファイル
  • オートシークエンサーから出力される塩基配列ファイル(Fastaファイル)。
  • 公共データベースからダウンロードした配列データのセット(Genbank形式ファイル可)。

一度に複数のファイルを投入できます。またmulti-Fasta形式にも対応しています。

自動アノテーション機能

• モチーフ検索
  InterPro※ を用いたタンパク質配列中のモチーフおよびドメインの探索です。 局所保存配列であるモチーフの分布を知ることで、きめこまやかな機能予測が可能となります。

• BLAST検索
  モチーフと並びアノテーションのもう一つの柱としてBLASTによる相同性検索を行います。独自の対象データベースを登録することも可能です。

• 二次構造予測
  Hydropathy Profileと二次構造、さらに抗原部位の予測を行います。上述のモチーフ情報との組み合わせで、機能と構造予測の精度を向上させます。

アノテーション編集機能

類似遺伝子のモチーフ比較などから、個別の遺伝子に対してユーザ独自の情報を付加します。モチーフレベルでのアライメント比較など、これまでにない角度からタンパク質の情報を引き出します。

【 類似タンパク質一覧表示 】

特定遺伝子群の検索・選別

モチーフ名やGOに該当する遺伝子/タンパク質のリストを検索・抽出します。「アポトーシス関連遺伝子」を選別など、お手持ちの遺伝子の分類や絞込みに便利な機能です。

【 特定遺伝子群の検索・選別 】

発現データのインポートと発現解析

DNAチップやcDNAシークエンスから得られる発現情報をCSVファイル(Excel)を介してインポートすることができます。発現データは、GOの階層的分類を利用して分類することができます。

【 発現データのインポートと発現解析 】

使用例

• cDNA(EST)シークエンスを伴う研究
• DNA チップ/マイクロアレイによる発現プロファイリング解析
  • GeneCompassは、シークエンスデータ解析や発現プロファイリング解析、またはその両方を実践する研究・開発の場で有効にご利用いただけます。

【 実験の流れとGeneCompassの使用例 】

必要システム

項目	詳細
対応OS	サーバ	クライアント
	RedHat Linux (kernel 2.4以上)	Windows 98/Me NT4.0/2000/XP	Mac OS X 10.1x以降
メモリ	1GB以上	256MB以上	256MB以上
ハードディスク	80GB以上の空き (OS+本ソフトウェア+データベース領域を含む)	100MB以上の空き	100MB以上の空き
その他	Windows環境では、Java実行環境として JRE(Java Runtime Environment)1.4以上が必要となります。

サポート

製品購入後のサポートについて

本製品のサポートにつきましては、基本的に年間保守契約となっております。
詳細につきましては、下記までお問い合わせください。

開発元

株式会社ダイナコム
千葉県千葉市美浜区中瀬2-6-1
WBG マリブイースト25階
Tel : 043-213-8131
Fax : 043-213-8132