簡単な解析やこれからNGS解析を始める方に!
はじめに
次世代シークエンサー技術の進歩により、NGSデータ解析を行う研究者が増えています。一方で、解析に用いる有名なフリーソフトの多くはLinux環境での動作となり、多数のユーザーが利用しているWindows環境でそのまま使用することはできません。その為、Linuxの扱いに不慣れな方にとっては、ソフトのインストール作業自体が大きな負担となっていました。
この問題を解決するために、WindowsPC上で仮想のLinuxPCを起動させることができるVirtualMachine(VM)を構築しました。このVM上には主要なNGS解析ソフトが前もってインストールしてありますので、お使いのWindowsPCに影響を与えることなく、すぐにでも解析を行うことができます。
VMを利用した解析
下記の表に記載したソフトがインストール済みで、RNA-Seq、RAD-Seq、ChiP-Seq、SNP解析等を行うことができます。RAD-Seq 用のプログラム”Stacks”もインストールしてありますので、VM上でブラウザを開いて結果を確認することもできるようになって おります。 また、次世代シーケンサー(NGS)受託解析やVMを利用した教育サポートも行っておりますのでご興味のある方はお問い合わせください。
インストールソフト一覧
カテゴリ | インストールプログラム | 概要 |
---|---|---|
前処理 | FastQC | FASTQファイルのクオリティチェック |
前処理 | FASTX-Toolkit | FASTQ形式のファイル操作を行う |
前処理 | Trimmomatic | リードのトリミング処理 |
ファイル操作 | bedtools | BED形式のファイル操作 |
ファイル操作 | SAMtools | SAM形式のファイル操作 |
マッピング | Bowtie | マッピング |
マッピング | Bowtie2 | マッピング |
マッピング | Burrows-Wheeler Aligner (BWA) | マッピング |
RNA-Seq | Assembly By Short Sequences (ABySS) | de novo アセンブル |
RNA-Seq | RNA-Seq by Expectation-Maximization (RSEM) | 発現量算出 |
RNA-Seq | Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) denovo | de novo アセンブル |
RNA-Seq | Trinity | de novo アセンブル |
RNA-Seq | Velvet | de novo アセンブル |
RAD-Seq | pyRAD | RAD-seq クラスタリング、系統解析 |
RAD-Seq | Stacks | 遺伝子地図作成、集団遺伝・系統地理学的解析、RAD-Seq |
ChiP-Seq | Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) | ChiP-Seq |
SNP | Beagle | 遺伝子型判定 |
SNP | PLINK | ゲノムワイド関連解析 |
SNP | TASSELE | SNP等のアソシエーション解析 |
クラスタリング | CD-HIT | クラスタリング |
相同性検索 | BLAST+ | 相同性検索 |
ビューワー | Integrative Genomics Viewer (IGV) | ゲノムビューワー |
前処理 | fastuniq | 重複配列リードの削除 |
推奨環境
対応OS | Windows 11/10 |
---|---|
メモリ | 4GB以上 |
ハードディスク | 30GB以上の空き容量 |
※データの容量によっては、大容量のHDDを準備する必要があります。
VM環境
OS | CentOS ver.6.4 (容量20GB) |
---|---|
WEBサーバー | Apache ver.2.2.15 |
データベース | MySQL ver.5.1.73 |
カスタマイズ
VirtualMachineイメージの詳細や価格、追加でインストールしたいソフト等ございましたら弊社までお問い合わせください。