プローブ/プライマー受託設計サービス

プローブ・プライマー設計でお困りの方へ受託設計サービスをご案内致します。

御使用目的に応じて、特異性や二次構造、Tm、GC含量、SNPなどの特性を考慮した、プローブ・プライマー配列を設計致します。

主な設計方法

本サービスでは主に次のような手順でプローブ・プライマー配列を設計します。

1. 候補配列の作成	設計対象配列から、Tm、GC含量などの設計条件に応じてプローブ・プライマーの候補配列を設計します。
2. 特異性の検証	候補配列とmRNAやゲノム配列との類似性の検索を行い、プローブ・プライマーの特異性を検証します。
3. ダイマー形成・二次構造形成の検証	候補配列を熱力学エネルギーを考慮した方法による二次構造を予測します。また、プライマーの場合、ダイマーの形成能の検証も行います。
4. 最適化	最後にTmを均等に揃えるなど、実験条件に応じてプローブ・プライマー配列を決定します。

※設計方法はプローブ・プライマーの使用目的に応じて、適宜変更して行うことができますので、お気軽にご相談ください。

標準の設計方法に加え、次のようなプローブ・プライマー設計オプションを追加指定することができます。

SNPなどの多型情報データベースから取得したデータに基づき、設計候補として不適切な場所を除きます。

本サービスでは、これまでに次のようなプローブ・プライマー配列を設計いたしました。下記用途以外にも、ご要望に応じた設計を行いますので、別途お問い合わせ下さい。

プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。

長さ	プローブ配列長、最小値～最大値。
Tm値 (℃)	プローブTm値。最小値～最大値。
GC含量 (%)	プローブGC含量(%)。最小値～最大値。
同一塩基の繰り返し数	プローブ配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。
塩濃度 (Na+;mM)	反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。
DNA濃度 (nM)	プローブ濃度。Tm値予測に使用。
特異性検証用配列	RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プローブの特異性検証に用いる配列データベース。

プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。

長さ	プライマー配列長。最小値～最大値。
Tm値 (℃)	プライマーTm値。最小値～最大値。
GC含量 (%)	プライマーGC含量(%)。最小値～最大値。
同一塩基の繰り返し数	プライマー配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。
PCR産物長	PCR産物のサイズの範囲。
プライマー間のTm値の違い (℃)	プライマー間のTm値差の最大値。
3’末端のGまたはCを認めるか	プライマー配列の3’末端が高次構造をとりやすくならないよう、3’末端塩基がGまたはCとならないプライマーだけを設計するか。
3’末端の熱力学的安定性 (⊿G)	プライマー配列3’側5bpの最大安定性。
塩濃度 (Na+;mM)	反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。
DNA濃度 (nM)	プライマー濃度。Tm値予測に使用。
特異性検証用配列	RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プライマーの特異性の検証に用いる配列データベース。

プライマー候補配列上のSNP検証に用いるSNPはUCSCから取得するため、対象生物種によっては検証が困難な場合な場合があります。

設計をご依頼いただく際は、予め下記の項目をお問い合わせフォームにてご連絡ください。
折り返し設計条件とお見積をご提案させていただきます。