次世代シーケンサーのデータ解析にお困りの方へ

オープンソースソフトウェアを組み合わせて、研究目的・実験手法に適したデータをご提供!!

サービスの流れ

解析の一例

解析目的、ご要望に応じて、データ解析方法を対応いたします。 

解析対象データ (お預かりするデータ)	解析対象データは、HiSeq2000, MiSeq, Ion Protonなどの一次解析結果(fastqファイル)および、リファレンス対象ゲノムファイルになります。
解析サンプル例	re-sequencing de-novo assemble exome transcriptome ChIP-seq BS-Seq RAD-Seq
納品物例	納品物はデータファイルおよびオプションにより、解析結果データを表示するゲノムブラウザシステムとなります。 リード情報(クオリティチェック結果、トリム情報、リード統計情報) マップデータ(マップ結果ファイル、マップデータ統計情報)またはアライメント結果 三次解析結果データ リファレンスへのマップ情報、多型情報の表示システム(GBrowse, JBrowse またはカスタムブラウザ)

解析ツール例

マッピング	bwa, Bowtie2, SOAP2, mrFAST, BLAT, RSEM, TopHat
アセンブル	Velvet, ABySS, SOAPdenovo, Trinity
SNP解析/構造多型解析	GATK, samtools, VarScan2, BreakDancer, Pindel, mrCaNaVaR, CNVnator, Cufflinks, Bismark, Bis-SNP
アノテーション	SnpEff, Variant Effect Predictor

重要

• 本サービスの仕様は予告なく変更される場合があります。
• 本サービスは研究用途のみを想定しております。
• 本サービスにより得られた結果が原因となる損失、損害に対して当社は責任を負いかねます。
• 解析処理過程においてのパラメータチューニングなど、解析結果の品質について最大限の努力をいたしますが、 お預かりするデータセットのクオリティなどの問題で、結果がお客様の期待される結果と異なる場合がございます。
• 個人情報に関わるデータセットに関しては、匿名化されたデータセットのみ対応いたします。
• ご依頼いただく作業、お預かりするデータセットについて秘密保持が必要の場合、秘密保持契約を締結致します。
• 解析ソフトのライセンス形態により、ライセンス取得費用を申し受ける場合がございます。

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