各バージョンと機能の対応一覧


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NGS Data Analysis
2015.07.31更新
データの制限 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
インポート可能な検体数 Standard                                                       1,000  
Pro             5,000  
NGSデータのインポート V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
VCFファイル             可能 VCF ver.4.1、4.2に対応
フィルタリング
            可能 QUAL,FILTERでフィルタリング可能
ケースコントロール研究 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
解析可能な検体数 Standard             50  
Pro             3,000  
解析可能な集団数             2  
マンハッタンプロット             可能 Genotypeモデル、Alleleモデル、Recessiveモデル、Dominantモデルを選択可能
多型情報を考慮した分割表の自動集計             可能  
p-Valueの算出             可能  
効果量の算出             可能  
カイ二乗値の算出             可能  
自由度の算出             可能  
ジェノタイピングデータの出力             可能  
主成分分析 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
解析可能な検体数 Standard             50  
Pro             3,000  
解析可能な集団数             32  
散布図の出力             可能  
集団の設定             可能  
解析後の表示検体の選択             可能  






SNP and Haplotype Analysis
2015.07.31更新
データの制限 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
インポート可能な検体数 Standard 1,000  
Pro 10,000  
ジェノタイピングデータのインポート V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
Excelファイル 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Excel2007 (.xlsx形式)に対応
タブ区切り
テキストファイル
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Biotage社
PSQ96エキスポートファイル
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
ABI社 PRISM7900
エキスポートファイル
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
データシートの複数展開     可能 可能 可能 可能 可能 複数のデータシートを読み込み可
SNPAlyze Dataファイル
(データと結果の一括保存&読み込み)
      可能 可能 可能 可能  
ケースコントロール研究 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 2,560  
同時に解析可能な集団数 10  
DNA多型情報の
集計方法の設定
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 分割表のサイズの定義
カイ二乗検定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 カイ二乗値、P値の算出
AICの利用 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
フィッシャーの正確確率検定(2×2)    可能 可能 可能 可能 可能 可能 2×2分割表の場合のみ
フィッシャーの正確確率検定(m×n)   可能 可能 可能 可能 可能 可能 m×n分割表対応
オッズ比の算出 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 2×2分割表の場合のみ
クラスタリング 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 デンドログラムの出力、非類似度行列の出力
解析結果をExcel形式で保存   可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Excel2007 (.xlsx形式)に対応
Bootstrap法の利用 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力
詳細結果の出力   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
マイクロサテライトへの対応   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
多型情報を考慮した分割表の自動集計   詳細は備考を参照 可能 可能 可能 可能 可能 詳細は備考を参照
 Recessive, Dominantを考慮した自動集計は不可
多重検定の補正機能(FDR法)         可能 可能 可能 BH法、Bootstrap法を利用可
連鎖不平衡解析 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 1,000  
同時に解析可能な集団数 5  
ハプロタイプ頻度の出力 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 EMアルゴリズムの利用
連鎖不平衡係数 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 D、D’、r2の算出
カイ二乗検定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 カイ二乗値、 P値の算出
AICの利用 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
連鎖不平衡のグラフィカルな表示
(グリッドに出力)
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
(BMP表示)
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
解析結果を
Excel形式で保存
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
(グリッドに出力のみ)

可能
 Excel2007 (.xlsx形式)に対応
Bootstrap法の利用 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力
マイクロサテライトへの対応   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
ハプロタイプ推定 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 Standard 30  
Pro 40  
同時に解析可能な集団数 5  
ハプロタイプ頻度の推定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 EMアルゴリズムの利用
欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
各検体のディプロタイプ形の推定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
ディプロタイプ形の
分布の推定
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
解析結果を
Excel形式で保存
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Excel2007(.xlsx形式)に対応
Bootstrap法の利用 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力
マイクロサテライトへの対応   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
tagSNP同定機能   詳細は備考を参照 可能 可能 可能 可能 可能 詳細は備考を参照
 代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力
各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存        可能 可能 可能 可能 可能  
ハーディ・ワインベルグ平衡の検定 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 2,560  
同時に解析可能な集団数 5  
カイ二乗検定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 カイ二乗値、P値の算出
詳細結果の出力   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
マイクロサテライトへの対応   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
正確確率検定      可能 可能 可能 可能 可能 正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定
解析結果をExcel形式で保存      可能 可能 可能 可能 可能  
多重検定の補正機能(FDR法)           可能 可能 BH法、Bootstrap法を利用可
コクラン・アーミテージ・トレンド検定 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数           2,560  
同時に解析可能な集団数           2  
カイ二乗検定           可能 可能 カイ二乗値、P値の算出
詳細結果の出力           可能 可能  
マイクロサテライトへの対応           可能 可能  
解析結果をExcel形式で保存           可能 可能  
多重検定の補正機能(FDR法)           可能 可能 BH法、Bootstrap法を利用可
ハプロタイプを用いた
ケースコントロール研究
V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 10  
同時に解析可能な集団数 5  
集団間のハプロタイプ頻度の検定 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Permutation法の利用
カイ二乗検定
各ハプロタイプ頻度の
差の検定
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Permutation法の利用
カイ二乗検定
度数分布のグラフ出力 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
マイクロサテライトへの対応   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
オッズ比の算出   可能 可能 可能 可能 可能 可能 2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ
ハプロタイプブロック解析 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
同時に解析可能な座位数 1,000  
Gabrielの方法     可能 可能 可能 可能 可能  
Four Gamete法     可能 可能 可能 可能 可能  
tagSNP同定機能     可能 可能 可能 可能 可能  
MAP表示     可能 可能 可能 可能 可能  
UserによるBlockの定義     可能 可能 可能 可能 可能  
Block間の連鎖不平衡係数     可能 可能 可能 可能 可能 Block間のD’値を表示
カイ二乗検定        可能 可能 可能 可能  
HealthSketchとの連携 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 備考
ファイルを介したデータの受け渡し     可能 可能 可能 可能 可能 HealthSketch Ver.1.1以降が必要
単一SNPのロジスティック回帰分析              可能 可能 可能 HealthSketch Ver.2.5以降が必要