| データの制限 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| インポート可能な検体数 |
Standard |
1,000 |
|
| Pro |
10,000 |
|
| ジェノタイピングデータのインポート |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
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| Excelファイル |
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Excel2007
（.xlsx形式）に対応 |
タブ区切り
テキストファイル |
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Biotage社
PSQ96エキスポートファイル |
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ABI社 PRISM7900
エキスポートファイル |
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| データシートの複数展開 |
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複数のデータシートを読み込み可 |
SNPAlyze Dataファイル
（データと結果の一括保存＆読み込み） |
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| ケースコントロール研究 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
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| 同時に解析可能な座位数 |
2,560 |
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| 同時に解析可能な集団数 |
10 |
|
DNA多型情報の
集計方法の設定 |
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分割表のサイズの定義 |
| カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、P値の算出 |
| AICの利用 |
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| フィッシャーの正確確率検定(2×2) |
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2×2分割表の場合のみ |
| フィッシャーの正確確率検定(m×n) |
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m×n分割表対応 |
| オッズ比の算出 |
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2×2分割表の場合のみ |
| クラスタリング |
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デンドログラムの出力、非類似度行列の出力 |
| 解析結果をExcel形式で保存 |
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|
Excel2007
（.xlsx形式）に対応 |
| Bootstrap法の利用 |
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カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力 |
| 詳細結果の出力 |
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|
| マイクロサテライトへの対応 |
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| 多型情報を考慮した分割表の自動集計 |
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Recessive, Dominantを考慮した自動集計は不可 |
| 多重検定の補正機能（FDR法） |
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|
BH法、Bootstrap法を利用可 |
| 連鎖不平衡解析 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
1,000 |
|
| 同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
| ハプロタイプ頻度の出力 |
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|
EMアルゴリズムの利用 |
| 連鎖不平衡係数 |
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|
D、D’、r2の算出 |
| カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、
P値の算出 |
| AICの利用 |
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|
連鎖不平衡のグラフィカルな表示
（グリッドに出力） |
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|
連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
（BMP表示） |
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|
|
解析結果を
Excel形式で保存 |
|
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連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
（グリッドに出力のみ）
Excel2007
（.xlsx形式）に対応 |
| Bootstrap法の利用 |
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|
連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力 |
| マイクロサテライトへの対応 |
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|
| ハプロタイプ推定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
Standard |
30 |
|
| Pro |
40 |
|
| 同時に解析可能な集団数 |
5 |
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| ハプロタイプ頻度の推定 |
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|
EMアルゴリズムの利用 |
| 欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定 |
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| 各検体のディプロタイプ形の推定 |
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|
ディプロタイプ形の
分布の推定 |
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|
解析結果を
Excel形式で保存 |
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|
Excel2007（.xlsx形式）に対応 |
| Bootstrap法の利用 |
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|
ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力 |
| マイクロサテライトへの対応 |
|
|
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|
| tagSNP同定機能 |
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|
代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力 |
| 各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存 |
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|
| ハーディ・ワインベルグ平衡の検定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
2,560 |
|
| 同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
| カイ二乗検定 |
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|
カイ二乗値、P値の算出 |
| 詳細結果の出力 |
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|
| マイクロサテライトへの対応 |
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| 正確確率検定 |
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|
正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定 |
| 解析結果をExcel形式で保存 |
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| 多重検定の補正機能（FDR法） |
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|
BH法、Bootstrap法を利用可 |
| コクラン・アーミテージ・トレンド検定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
|
|
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|
2,560 |
|
| 同時に解析可能な集団数 |
|
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|
2 |
|
| カイ二乗検定 |
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|
カイ二乗値、P値の算出 |
| 詳細結果の出力 |
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|
| マイクロサテライトへの対応 |
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|
| 解析結果をExcel形式で保存 |
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|
| 多重検定の補正機能（FDR法） |
|
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|
|
|
BH法、Bootstrap法を利用可 |
ハプロタイプを用いた
ケースコントロール研究 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
10 |
|
| 同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
| 集団間のハプロタイプ頻度の検定 |
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|
Permutation法の利用
カイ二乗検定 |
各ハプロタイプ頻度の
差の検定 |
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Permutation法の利用
カイ二乗検定 |
| 度数分布のグラフ出力 |
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|
| マイクロサテライトへの対応 |
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|
| オッズ比の算出 |
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|
2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ |
| ハプロタイプブロック解析 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| 同時に解析可能な座位数 |
1,000 |
|
| Gabrielの方法 |
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|
| Four Gamete法 |
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| tagSNP同定機能 |
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|
| MAP表示 |
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| UserによるBlockの定義 |
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| Block間の連鎖不平衡係数 |
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|
Block間のD’値を表示 |
| カイ二乗検定 |
|
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|
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|
|
| HealthSketchとの連携 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
| ファイルを介したデータの受け渡し |
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|
HealthSketch Ver.1.1以降が必要 |
| 単一SNPのロジスティック回帰分析 |
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|
HealthSketch Ver.2.5以降が必要 |
