データの制限 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
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インポート可能な検体数 |
Standard |
1,000 |
|
Pro |
10,000 |
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ジェノタイピングデータのインポート |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
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Excelファイル |
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 Excel2007
(.xlsx形式)に対応 |
タブ区切り
テキストファイル |
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Biotage社
PSQ96エキスポートファイル |
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ABI社 PRISM7900
エキスポートファイル |
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データシートの複数展開 |
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複数のデータシートを読み込み可 |
SNPAlyze Dataファイル (データと結果の一括保存&読み込み) |
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ケースコントロール研究 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
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同時に解析可能な座位数 |
2,560 |
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同時に解析可能な集団数 |
10 |
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DNA多型情報の
集計方法の設定 |
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分割表のサイズの定義 |
カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、P値の算出 |
AICの利用 |
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フィッシャーの正確確率検定(2×2) |
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2×2分割表の場合のみ |
フィッシャーの正確確率検定(m×n) |
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m×n分割表対応 |
オッズ比の算出 |
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2×2分割表の場合のみ |
クラスタリング |
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デンドログラムの出力、非類似度行列の出力 |
解析結果をExcel形式で保存 |
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 Excel2007
(.xlsx形式)に対応 |
Bootstrap法の利用 |
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カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力 |
詳細結果の出力 |
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マイクロサテライトへの対応 |
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多型情報を考慮した分割表の自動集計 |
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 Recessive, Dominantを考慮した自動集計は不可 |
多重検定の補正機能(FDR法) |
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BH法、Bootstrap法を利用可 |
連鎖不平衡解析 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
1,000 |
|
同時に解析可能な集団数 |
5 |
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ハプロタイプ頻度の出力 |
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EMアルゴリズムの利用 |
連鎖不平衡係数 |
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D、D’、r2の算出 |
カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、
P値の算出 |
AICの利用 |
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連鎖不平衡のグラフィカルな表示
(グリッドに出力) |
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連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
(BMP表示) |
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|
解析結果を
Excel形式で保存 |
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連鎖不平衡の
グラフィカルな表示
(グリッドに出力のみ)
 Excel2007
(.xlsx形式)に対応 |
Bootstrap法の利用 |
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連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力 |
マイクロサテライトへの対応 |
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ハプロタイプ推定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
Standard |
30 |
|
Pro |
40 |
|
同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
ハプロタイプ頻度の推定 |
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EMアルゴリズムの利用 |
欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定 |
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各検体のディプロタイプ形の推定 |
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ディプロタイプ形の
分布の推定 |
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|
解析結果を
Excel形式で保存 |
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 Excel2007(.xlsx形式)に対応 |
Bootstrap法の利用 |
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ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力 |
マイクロサテライトへの対応 |
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tagSNP同定機能 |
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 代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力 |
各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存 |
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|
ハーディ・ワインベルグ平衡の検定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
2,560 |
|
同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、P値の算出 |
詳細結果の出力 |
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マイクロサテライトへの対応 |
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正確確率検定 |
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正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定 |
解析結果をExcel形式で保存 |
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多重検定の補正機能(FDR法) |
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BH法、Bootstrap法を利用可 |
コクラン・アーミテージ・トレンド検定 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
|
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2,560 |
|
同時に解析可能な集団数 |
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2 |
|
カイ二乗検定 |
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カイ二乗値、P値の算出 |
詳細結果の出力 |
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|
マイクロサテライトへの対応 |
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解析結果をExcel形式で保存 |
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|
多重検定の補正機能(FDR法) |
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 |
BH法、Bootstrap法を利用可 |
ハプロタイプを用いた ケースコントロール研究 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
10 |
|
同時に解析可能な集団数 |
5 |
|
集団間のハプロタイプ頻度の検定 |
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Permutation法の利用
カイ二乗検定 |
各ハプロタイプ頻度の
差の検定 |
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Permutation法の利用
カイ二乗検定 |
度数分布のグラフ出力 |
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マイクロサテライトへの対応 |
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|
オッズ比の算出 |
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2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ |
ハプロタイプブロック解析 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
同時に解析可能な座位数 |
1,000 |
|
Gabrielの方法 |
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Four Gamete法 |
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tagSNP同定機能 |
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MAP表示 |
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UserによるBlockの定義 |
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Block間の連鎖不平衡係数 |
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 |
Block間のD’値を表示 |
カイ二乗検定 |
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|
HealthSketchとの連携 |
V3
| V4
| V5
| V6
| V7
| V8
| V9
| 備考
|
ファイルを介したデータの受け渡し |
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 |
HealthSketch Ver.1.1以降が必要 |
単一SNPのロジスティック回帰分析 |
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 |
HealthSketch Ver.2.5以降が必要 |