NGS Data Analysis
2015.07.31更新
データの制限 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
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インポート可能な検体数 | Standard | 1,000 | |||||||
Pro | 5,000 | ||||||||
NGSデータのインポート | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
VCFファイル | VCF ver.4.1、4.2に対応 | ||||||||
フィルタリング | QUAL,FILTERでフィルタリング可能 | ||||||||
ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
解析可能な検体数 | Standard | 50 | |||||||
Pro | 3,000 | ||||||||
解析可能な集団数 | 2 | ||||||||
マンハッタンプロット | Genotypeモデル、Alleleモデル、Recessiveモデル、Dominantモデルを選択可能 | ||||||||
多型情報を考慮した分割表の自動集計 | |||||||||
p-Valueの算出 | |||||||||
効果量の算出 | |||||||||
カイ二乗値の算出 | |||||||||
自由度の算出 | |||||||||
ジェノタイピングデータの出力 | |||||||||
主成分分析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
解析可能な検体数 | Standard | 50 | |||||||
Pro | 3,000 | ||||||||
解析可能な集団数 | 32 | ||||||||
散布図の出力 | |||||||||
集団の設定 | |||||||||
解析後の表示検体の選択 |
SNP and Haplotype Analysis
2015.07.31更新
データの制限 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
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インポート可能な検体数 | Standard | 1,000 | |||||||
Pro | 10,000 | ||||||||
ジェノタイピングデータのインポート | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
Excelファイル | Excel2007(.xlsx形式)に対応 | ||||||||
タブ区切り テキストファイル | |||||||||
Biotage社 PSQ96エキスポートファイル | |||||||||
ABI社 PRISM7900 エキスポートファイル | |||||||||
データシートの複数展開 | 複数のデータシートを読み込み可 | ||||||||
SNPAlyze Dataファイル (データと結果の一括保存&読み込み) | |||||||||
ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 10 | ||||||||
DNA多型情報の 集計方法の設定 | 分割表のサイズの定義 | ||||||||
カイ二乗検定 | カイ二乗値、P値の算出 | ||||||||
AICの利用 | |||||||||
フィッシャーの正確確率検定(2×2) | 2×2分割表の場合のみ | ||||||||
フィッシャーの正確確率検定(m×n) | m×n分割表対応 | ||||||||
オッズ比の算出 | 2×2分割表の場合のみ | ||||||||
クラスタリング | デンドログラムの出力、非類似度行列の出力 | ||||||||
解析結果をExcel形式で保存 | Excel2007(.xlsx形式)に対応 | ||||||||
Bootstrap法の利用 | カイ二乗値、P値、AIC、オッズ比の平均値、分散、標準偏差を出力 | ||||||||
詳細結果の出力 | |||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
多型情報を考慮した分割表の自動集計 | Recessive,Dominantを考慮した自動集計は不可 | ||||||||
多重検定の補正機能(FDR法) | BH法、Bootstrap法を利用可 | ||||||||
連鎖不平衡解析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 1,000 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
ハプロタイプ頻度の出力 | EMアルゴリズムの利用 | ||||||||
連鎖不平衡係数 | D、D’、r2の算出 | ||||||||
カイ二乗検定 | カイ二乗値、P値の算出 | ||||||||
AICの利用 | |||||||||
連鎖不平衡のグラフィカルな表示 (グリッドに出力) | |||||||||
連鎖不平衡の グラフィカルな表示 (BMP表示) | |||||||||
解析結果を Excel形式で保存 | 連鎖不平衡のグラフィカルな表示(グリッドに出力のみ)
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Bootstrap法の利用 | 連鎖不平衡係数、カイ二乗値、P値、AICの平均値、分散、標準偏差を出力 | ||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
ハプロタイプ推定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | Standard | 30 | |||||||
Pro | 40 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
ハプロタイプ頻度の推定 | EMアルゴリズムの利用 | ||||||||
欠損値を考慮したハプロタイプ頻度の推定 | |||||||||
各検体のディプロタイプ形の推定 | |||||||||
ディプロタイプ形の 分布の推定 | |||||||||
解析結果を Excel形式で保存 | Excel2007(.xlsx形式)に対応 | ||||||||
Bootstrap法の利用 | ハプロタイプ頻度の平均値、分散、標準偏差を出力 | ||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
tagSNP同定機能 | 代表的なtagSNPの組み合わせを一つ出力 | ||||||||
各検体のディプロタイプ形をテキスト形式で保存 | |||||||||
ハーディ・ワインベルグ平衡の検定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
カイ二乗検定 | カイ二乗値、P値の算出 | ||||||||
詳細結果の出力 | |||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
正確確率検定 | 正確確率検定および、Monte Carlo法を用いた正確確率検定 | ||||||||
解析結果をExcel形式で保存 | |||||||||
多重検定の補正機能(FDR法) | BH法、Bootstrap法を利用可 | ||||||||
コクラン・アーミテージ・トレンド検定 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 2,560 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 2 | ||||||||
カイ二乗検定 | カイ二乗値、P値の算出 | ||||||||
詳細結果の出力 | |||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
解析結果をExcel形式で保存 | |||||||||
多重検定の補正機能(FDR法) | BH法、Bootstrap法を利用可 | ||||||||
ハプロタイプを用いた ケースコントロール研究 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 10 | ||||||||
同時に解析可能な集団数 | 5 | ||||||||
集団間のハプロタイプ頻度の検定 | Permutation法の利用 カイ二乗検定 | ||||||||
各ハプロタイプ頻度の 差の検定 | Permutation法の利用 カイ二乗検定 | ||||||||
度数分布のグラフ出力 | |||||||||
マイクロサテライトへの対応 | |||||||||
オッズ比の算出 | 2×2分割表データに対してPermutation testを実行した場合のみ | ||||||||
ハプロタイプブロック解析 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
同時に解析可能な座位数 | 1,000 | ||||||||
Gabrielの方法 | |||||||||
Four Gamete法 | |||||||||
tagSNP同定機能 | |||||||||
MAP表示 | |||||||||
UserによるBlockの定義 | |||||||||
Block間の連鎖不平衡係数 | Block間のD’値を表示 | ||||||||
カイ二乗検定 | |||||||||
HealthSketchとの連携 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | 備考 | |
ファイルを介したデータの受け渡し | HealthSketch Ver.1.1以降が必要 | ||||||||
単一SNPのロジスティック回帰分析 | HealthSketch Ver.2.5以降が必要 |