Windows上で動作するNGSデータ解析環境

簡単な解析やこれからNGS解析を始める方に!

はじめに

次世代シークエンサー技術の進歩により、NGSデータ解析を行う研究者が増えています。一方で、解析に用いる有名なフリーソフトの多くはLinux環境での動作となり、多数のユーザーが利用しているWindows環境でそのまま使用することはできません。その為、Linuxの扱いに不慣れな方にとっては、ソフトのインストール作業自体が大きな負担となっていました。 この問題を解決するために、WindowsPC上で仮想のLinuxPCを起動させることができるVirtualMachine(VM)を構築しました。このVM上には主要なNGS解析ソフトが前もってインストールしてありますので、お使いのWindowsPCに影響を与えることなく、すぐにでも解析を行うことができます。

VMを利用した解析

下記の表に記載したソフトがインストール済みで、RNA-Seq、RAD-Seq、ChiP-Seq、SNP解析等を行うことができます。AD-Seq 用のプログラム”Stacks”もインストールしてありますので、VM上でブラウザを開いて結果を確認することもできるようになって おります。 また、次世代シーケンサー(NGS)受託解析やVMを利用した教育サポートも行っておりますのでご興味のある方はお問い合わせください。

インストールソフト一覧

カテゴリ インストールプログラム 概要
前処理 FastQC FASTQファイルのクオリティチェック
前処理 FASTX-Toolkit FASTQ形式のファイル操作を行う
前処理 Trimmomatic リードのトリミング処理
ファイル操作 bedtools BED形式のファイル操作
ファイル操作 SAMtools SAM形式のファイル操作
マッピング Bowtie マッピング
マッピング Bowtie2 マッピング
マッピング Burrows-Wheeler Aligner (BWA) マッピング
RNA-Seq Assembly By Short Sequences (ABySS) de novo アセンブル
RNA-Seq RNA-Seq by Expectation-Maximization (RSEM) 発現量算出
RNA-Seq Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) denovo de novo アセンブル
RNA-Seq Trinity de novo アセンブル
RNA-Seq Velvet de novo アセンブル
RAD-Seq pyRAD RAD-seq クラスタリング、系統解析
RAD-Seq Stacks 遺伝子地図作成、集団遺伝・系統地理学的解析、RAD-Seq
ChiP-Seq Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) ChiP-Seq
SNP Beagle 遺伝子型判定
SNP PLINK ゲノムワイド関連解析
SNP TASSELE SNP等のアソシエーション解析
クラスタリング CD-HIT クラスタリング
相同性検索 BLAST+ 相同性検索
ビューワー Integrative Genomics Viewer (IGV) ゲノムビューワー
前処理 fastuniq 重複配列リードの削除

推奨環境

対応OS Windows 7/8/10
メモリ 4GB以上
ハードディスク 30GB以上の空き容量
その他
*データの容量によっては、大容量のHDDを準備する必要があります。

VM環境

OS CentOS ver.6.4 (容量20GB)
WEBサーバー Apache ver.2.2.15
データベース MySQL ver.5.1.73

カスタマイズ

VirtualMachineイメージの詳細や価格、追加でインストールしたいソフト等ございましたら下記までお問い合わせください
  • 株式会社 ダイナコム 千葉県千葉市美浜区中瀬2-6-1 WBGマリブイースト25階
  • TEL:043-213-8131
  • FAX:043-213-8132
  • お問い合せフォームこちらへ

 

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