Windows上で動作するNGSデータ解析環境のご提供

簡単な解析やこれからNGS解析を始める方に!

はじめに

次世代シークエンサー技術の進歩により、NGSデータ解析を行う研究者が増えています。一方で、解析に用いる有名なフリーソフトの多くはLinux環境での動作となり、多数のユーザーが利用しているWindows環境でそのまま使用することはできません。その為、Linuxの扱いに不慣れな方にとっては、ソフトのインストール作業自体が大きな負担となっていました。

この問題を解決するために、WindowsPC上で仮想のLinuxPCを起動させることができるVirtualMachine(VM)を構築しました。このVM上には主要なNGS解析ソフトが前もってインストールしてありますので、お使いのWindowsPCに影響を与えることなく、すぐにでも解析を行うことができます。

VMを利用した解析

下記の表に記載したソフトがインストール済みで、RNA-Seq、RAD-Seq、ChiP-Seq、SNP解析等を行うことができます。RAD-Seq 用のプログラム”Stacks”もインストールしてありますので、VM上でブラウザを開いて結果を確認することもできるようになって おります。 また、次世代シーケンサー(NGS)受託解析やVMを利用した教育サポートも行っておりますのでご興味のある方はお問い合わせください。

インストールソフト一覧

カテゴリインストールプログラム概要
前処理FastQCFASTQファイルのクオリティチェック
前処理FASTX-ToolkitFASTQ形式のファイル操作を行う
前処理Trimmomaticリードのトリミング処理
ファイル操作bedtoolsBED形式のファイル操作
ファイル操作SAMtoolsSAM形式のファイル操作
マッピングBowtieマッピング
マッピングBowtie2マッピング
マッピングBurrows-Wheeler Aligner (BWA)マッピング
RNA-SeqAssembly By Short Sequences (ABySS)de novo アセンブル
RNA-SeqRNA-Seq by Expectation-Maximization (RSEM)発現量算出
RNA-SeqShort Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) denovode novo アセンブル
RNA-SeqTrinityde novo アセンブル
RNA-SeqVelvetde novo アセンブル
RAD-SeqpyRADRAD-seq クラスタリング、系統解析
RAD-SeqStacks遺伝子地図作成、集団遺伝・系統地理学的解析、RAD-Seq
ChiP-SeqModel-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)ChiP-Seq
SNPBeagle遺伝子型判定
SNPPLINKゲノムワイド関連解析
SNPTASSELESNP等のアソシエーション解析
クラスタリングCD-HITクラスタリング
相同性検索BLAST+相同性検索
ビューワーIntegrative Genomics Viewer (IGV)ゲノムビューワー
前処理fastuniq重複配列リードの削除

推奨環境

対応OSWindows 11/10
メモリ4GB以上
ハードディスク30GB以上の空き容量

※データの容量によっては、大容量のHDDを準備する必要があります。

VM環境

OSCentOS ver.6.4 (容量20GB)
WEBサーバーApache ver.2.2.15
データベースMySQL ver.5.1.73

カスタマイズ

VirtualMachineイメージの詳細や価格、追加でインストールしたいソフト等ございましたら弊社までお問い合わせください。

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