30個のSNP解析可能に ダイナコムがソフト開発 処理速度、従来の100倍 配列パターン推定高度化

2002/09/02

日刊工業新聞より

30個のSNP解析可能に ダイナコムがソフト開発
処理速度、従来の100倍 配列パターン推定高度化

【千葉】ダイナコム(千葉県茂原市、藤宮仁社長、0475・25・8282)は、わずかな遺伝子の個人差である一塩基多型(SNP)解析で「ハプロタイプ」と呼ばれる配列パターン推定を高度化、30個のSNP解析を可能にしたソフトを開発、2日に発売する。同社の従来品ソフトに比べて処理時間を100倍以上に速めた。「世界最速の水準」(藤宮社長)で、病気に関係した遺伝子をより絞り込めることから、研究者の注目を集めそうだ。

新ソフトの「スニップアライズV2.1」は東京大学医科学研究所の井ノ上逸朗客員助教授との共同開発で、国公立や民間の研究機関、製薬会社などに売り込む。価格は50万円。03年3月末までに50セットの販売を目指す。ウィンドウズ版を先行し、10月にマッキントッシュ版を投入する。

同ソフトの特徴であるハプロタイプ推定は、両親から1セットずつ受け継いだ染色体のうち、それぞれ片側の染色体上にあるSNPの配列パターンを解析して推定するもの。

どのような遺伝子が病気にかかりやすいか、薬の効き目との関係はどうかといった推定がより高度化できるという。

新たに「ブートストラップ法」と呼ばれる統計解析の手法を取り入れ、被験者のデータをランダムに取り出して推定。データ抽出と推定を数千回繰り返すことで、推定値の高精度化を実現できる。
また、データ処理の最適化などソフト改良に力を入れ、処理速度を飛躍的に向上した。