主な特長

本製品の主な特長をご紹介します。

pq_square大量の配列をまとめて高速処理

ProbeQuestでは、DNAライブラリなどの大量の遺伝子配列から、まとめて、高速にオリゴDNAの設計を行うことができます。そのため、オリゴアレイ解析などの大量発現解析のツールには最適です。


pq_square遺伝子特異的領域の自動検出

 

他の設計対象遺伝子、及びマスキングデータベース配列(例:NCBI UniGene)との相同性を検索することによって、クロス・ハイブリダイゼーション、ミス・アニーリングを引き起こす可能性のある領域を自動的に除きます(マスキング)。 相同性検索の結果はグラフィカルに表示されるため、オリゴDNAの特異性の確認を容易に行うことができます。

 

【 オリゴ設計結果 】 

オリゴ設計結果


pq_square柔軟な設計パラメータ

 

Tm、GC含量、長さといった通常の条件に加え、設計する位置や特異性などを設定でき、柔軟なプローブ、プライマー設計が可能です。設定可能なパラメータについては、機能説明ページプローブ設計プライマー設計をご覧ください。


pq_square最適化による高品質なオリゴ設計

Tm、GC含量などをもとにした最適化(優先順位付け)を行うことにより、特異的かつ、均質なプローブ設計が可能なため、質の高いハイブリダイゼーションが期待できます。下図の例では全体の96%のプローブがTm±0.5℃の範囲に入っています

【Tmにより最適化されたプローブセット】

Tmにより最適化されたプローブセット


pq_square簡単便利なデータ編集

ProbeQuestは他のソフトウェアにないデータ編集機能を備えています。全長にわたる相同配列が存在するためなどの理由でオリゴDNAの設計が困難である場合、GUIを用いて相同配列の取捨を行うことができます。

【 データ編集機能 】
データ編集機能
オリデータ編集機能