主な特長

本製品の主な特長をご紹介します。

clip_image001配列データファイルの投入

投入する配列として塩基配列とアミノ酸配列の双方が利用できます。

 【 対応ファイル 】
  • オートシークエンサーから出力される塩基配列ファイル(Fastaファイル)

  • 公共データベースからダウンロードした配列データのセット(Genbank形式ファイル可)
一度に複数のファイルを投入できます。またmulti-Fasta形式にも対応しています。

clip_image001自動アノテーション機能 ↑ トップへ


  • モチーフ検索
    InterPro※1を用いたタンパク質配列中のモチーフおよびドメインの探索です。 局所保存配列であるモチーフの分布を知ることで、きめこまやかな機能予測が可能となります。

  • BLAST検索
    モチーフと並びアノテーションのもう一つの柱としてBLASTによる相同性検索を行います。独自の対象データベースを登録することも可能です。

  • 二次構造予測
    Hydropathy Profileと二次構造、さらに抗原部位の予測を行います。上述のモチーフ情報との組み合わせで、機能と構造予測の精度を向上させます。

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clip_image001アノテーション編集機能 ↑トップへ

類似遺伝子のモチーフ比較などから、個別の遺伝子に対してユーザ独自の情報を付加します。モチーフレベルでのアライメント比較など、これまでにない角度からタンパク質の情報を引き出します。

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【 類似タンパク質一覧表示 】


clip_image001特定遺伝子群の検索・選別 ↑トップへ

モチーフ名やGOに該当する遺伝子/タンパク質のリストを検索・抽出します。「アポトーシス関連遺伝子」を選別など、お手持ちの遺伝子の分類や絞込みに便利な機能です。

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【 特定遺伝子群の検索・選別 】


clip_image001発現データのインポートと発現解析 ↑ トップへ

DNAチップやcDNAシークエンスから得られる発現情報をCSVファイル(Excel)を介してインポートすることができます。発現データは、GOの階層的分類を利用して分類することができます。

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【 発現データのインポートと発現解析 】

次に、主な使用例を紹介いたします。使用例ページへ→


※1 InterProPfamPROSITEなど既存のデータの共通化を目的とした、モチーフ・ドメインの統合データベースです。(http://www.ebi.ac.uk/interpro/

InterPro-Integrated Resource of Protein Families, Domains and Functional Sites.
Copyright (c) 2001 The InterPro Consortium