プローブ/プライマー受託設計サービス

プローブ・プライマー設計でお困りの方へ受託設計サービスをご案内致します。
御使用目的に応じて、特異性や二次構造、Tm、GC含量、SNPなどの特性を考慮した、プローブ・プライマー配列を設計致します。

サービス内容

主な設計方法

本サービスでは主に次のような手順でプローブ・プライマー配列を設計します。

  1. 候補配列の作成
    設計対象配列から、Tm、GC含量などの設計条件に応じてプローブ・プライマーの候補配列を設計します。
  2. 特異性の検証
    候補配列とmRNAやゲノム配列との類似性の検索を行い、プローブ・プライマーの特異性を検証します。
  3. ダイマー形成・二次構造形成の検証
    候補配列を熱力学エネルギーを考慮した方法による二次構造を予測します。また、プライマーの場合、ダイマーの形成能の検証も行います。
  4. 最適化
    最後にTmを均等に揃えるなど、実験条件に応じてプローブ・プライマー配列を決定します。

*設計方法はプローブ・プライマーの使用目的に応じて、適宜変更して行うことができますので、お気軽にご相談ください。

設計オプション

標準の設計方法に加え、次のようなプローブ・プライマー設計オプションを追加指定することができます。
  • プローブ・プライマー候補配列上のSNP検証
  • SNPなどの多型情報データベースから取得したデータに基づき、設計候補として不適切な場所を除きます。

主な実績

本サービスでは、これまでに次のようなプローブ・プライマー配列を設計いたしました。下記用途以外にも、ご要望に応じた設計を行いますので、別途お問い合わせ下さい。
  • オリゴアレイ搭載用プローブ
  • RT-PCR用プライマー
  • マルチプレックスPCR対応プライマー
  • メチル化検出用プローブ
  • SNPタイピング用プライマー
  • 特定の領域に対するプローブ

設計条件

  • プローブ設計
    プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。
パラメータ 説明
長さ プローブ配列長、最小値~最大値。
Tm値 (℃) プローブTm値。最小値~最大値。
GC含量 (%) プローブGC含量(%)。最小値~最大値。
同一塩基の繰り返し数 プローブ配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。
塩濃度 (Na+;mM) 反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。
DNA濃度 (nM) プローブ濃度。Tm値予測に使用。
特異性検証用配列 RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プローブの特異性検証に用いる配列データベース。
  • プライマー設計
    プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。
パラメータ 説明
長さ プライマー配列長。最小値~最大値。
Tm値 (℃) プライマーTm値。最小値~最大値。
GC含量 (%) プライマーGC含量(%)。最小値~最大値。
同一塩基の繰り返し数 プライマー配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。
PCR産物長 PCR産物のサイズの範囲。
プライマー間のTm値の違い (℃) プライマー間のTm値差の最大値。
3’末端のGまたはCを認めるか プライマー配列の3’末端が高次構造をとりやすくならないよう、3’末端塩基がGまたはCとならないプライマーだけを設計するか。
3’末端の熱力学的安定性 (⊿G) プライマー配列3’側5bpの最大安定性。
塩濃度 (Na+;mM) 反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。
DNA濃度 (nM) プライマー濃度。Tm値予測に使用。
特異性検証用配列 RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プライマーの特異性の検証に用いる配列データベース。

ご注意事項

  • プライマー候補配列上のSNP検証に用いるSNPはUCSCから取得するため、対象生物種によっては検証が困難な場合な場合があります。

お申込み方法

設計をご依頼いただく際は、予め下記の項目をinfo@dynacom.co.jpまでご連絡ください。
折り返し設計条件とお見積をご提案させていただきます。

  • ご所属
  • お名前
  • ご連絡先 (住所、電話番号、e-mail)
  • 設計対象配列情報(Accession ID、もしくは配列データ)
  • 設計するプライマー・プローブの本数
  • 使用目的 (RT-PCR、オリゴアレイなど)
  • 設計に対するご要望

お問い合わせ先

サービスの詳細、価格などについては下記連絡先までお問い合わせください。

  • 株式会社 ダイナコム
    千葉県千葉市美浜区中瀬2-6-1 WBGマリブイースト25階
  • TEL:043-213-8131
  • FAX:043-213-8132
  • E-mail:info@dynacom.co.jp