■ 主な設計方法
本サービスでは主に次のような手順でプローブ・プライマー配列を設計します。

1. 候補配列の作成
   設計対象配列から、Tm、GC含量などの設計条件に応じてプローブ・プライマーの候補配列を設計します。
2. 特異性の検証
   候補配列とmRNAやゲノム配列との類似性の検索を行い、プローブ・プライマーの特異性を検証します。
3. ダイマー形成・二次構造形成の検証
   候補配列を熱力学エネルギーを考慮した方法による二次構造を予測します。また、プライマーの場合、ダイマーの形成能の検証も行います。
4. 最適化
   最後にTmを均等に揃えるなど、実験条件に応じてプローブ・プライマー配列を決定します。

*設計方法はプローブ・プライマーの使用目的に応じて、適宜変更して行うことができますので、お気軽にご相談ください。

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■ 設計オプション
標準の設計方法に加え、次のようなプローブ・プライマー設計オプションを追加指定することができます。

• プローブ・プライマー候補配列上のSNP検証
SNPなどの多型情報データベースから取得したデータに基づき、設計候補として不適切な場所を除きます。

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■ 主な実績
本サービスでは、これまでに次のようなプローブ・プライマー配列を設計いたしました。下記用途以外にも、ご要望に応じた設計を行いますので、別途お問い合わせ下さい。

• オリゴアレイ搭載用プローブ
• RT-PCR用プライマー
• マルチプレックスPCR対応プライマー
• メチル化検出用プローブ
• SNPタイピング用プライマー
• 特定の領域に対するプローブ

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■ 設計条件

• プローブ設計
  プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。

パラメータ 説明 長さ プローブ配列長、最小値～最大値。 Tm値 (℃) プローブTm値。最小値～最大値。 GC含量 (%) プローブGC含量(%)。最小値～最大値。 同一塩基の繰り返し数 プローブ配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。 塩濃度 (Na+;mM) 反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。 DNA濃度 (ｎM) プローブ濃度。Tm値予測に使用。 特異性検証用配列 RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プローブの特異性検証に用いる配列データベース。

• プライマー設計
  プローブ設計の際に指定することができる設計条件は、次の通りです。ご要望に応じて、条件を追加することが可能です。

パラメータ 説明 長さ プライマー配列長。最小値～最大値。 Tm値 (℃) プライマーTm値。最小値～最大値。 GC含量 (%) プライマーGC含量(%)。最小値～最大値。 同一塩基の繰り返し数 プライマー配列中で、ある1種類の塩基が連続してもよい数の最大値。 PCR産物長 PCR産物のサイズの範囲。 プライマー間のTm値の違い (℃) プライマー間のTm値差の最大値。 3′末端のGまたはCを認めるか プライマー配列の3′末端が高次構造をとりやすくならないよう、3′末端塩基がGまたはCとならないプライマーだけを設計するか。 3′末端の熱力学的安定性 (⊿G) プライマー配列3′側5bpの最大安定性。 塩濃度 (Na+;mM) 反応液の塩濃度(Na+)。Tm値予測に使用。 DNA濃度 (ｎM) プライマー濃度。Tm値予測に使用。 特異性検証用配列 RefSeq、UniGene、ゲノム配列など、プライマーの特異性の検証に用いる配列データベース。

• プライマー候補配列上のSNP検証に用いるSNPはUCSCから取得するため、対象生物種によっては検証が困難な場合な場合があります。

設計をご依頼いただく際は、予め下記の項目をinfo@dynacom.co.jpまでご連絡ください。
折り返し設計条件とお見積をご提案させていただきます。

• ご所属
• お名前
• ご連絡先 （住所、電話番号、e-mail）
• 設計対象配列情報（Accession ID、もしくは配列データ）
• 設計するプライマー・プローブの本数
• 使用目的 (RT-PCR、オリゴアレイなど)
• 設計に対するご要望

サービスの詳細、価格などについては下記連絡先までお問い合わせください。

連絡先
□	株式会社 ダイナコム 千葉県千葉市美浜区中瀬2-6-1 WBGマリブイースト25階
	Tel	：	043-213-8131
	Fax	：	043-213-8132
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