List of function


NEW!!
NGS Data Analysis
2015.07.31 update
Limitation of data V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
samples  Standard                                            1,000  
 Pro              5,000  
NGS Data import V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
VCF file             可能 Support VCF ver.4.1,4.2
Filtering
            可能 Manual selection QUAL and FILTER
Case-Control Study V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
samples Standard             50  
Pro             3,000  
group             2  
Manhattan Plot             可能 Manual selection Genotype,Allele,Recessive and Dominant model
Automatically define contingency tables             可能  
p-Value             可能  
effect size             可能  
Chi-square test             可能  
degree of freedom             可能  
Output genotyping             可能  
Principal Component Analysis V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
samples Standard             50  
Pro             3,000  
group             32  
Output Scatter plot             可能  
Setting of Subject             可能  
Self-Selected Sample before Analyze             可能  




SNP and Haplotype Analysis
2015.07.31 update
Limitation of data V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
samples Standard 1,000  
Pro 10,000  
Genotyping Data Import V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
Excel file 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Support Excel 2007(xlsx format)
Tab Separated Values File
Text File
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Biotage company
PSQ96 export file
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
ABI company PRISM7900
export file
可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Multiple open of data-sheet     可能 可能 可能 可能 可能 Support to open multiple data-sheets
SNPAlyze Data file
(Treat genotyping data and all analysis data collectively)
      可能 可能 可能 可能  
Case-Control Study V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci 2,560  
group 10  
Settings of a counting method for DNA polymorphism 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Define the size of contingency table
Chi-square test 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Calculate Chi-square and p-value
Utilization of AIC 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Fisher’s exact test (2 x 2)    可能 可能 可能 可能 可能 可能 Only the case of a 2X2 contingency table
Fisher’s exact test (m x n)   可能 可能 可能 可能 可能 可能 Corresponds to mXn contingency table
Calculation of Odds ratio 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Only the case of a 2X2 contingency table
Cluster Analysis 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Output Dendrogram and Dissimilarity matrix
Save an analysis result as Excel format   可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Support Excel 2007(xlsx format)
Utilization of Bootstrap method 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Output Chi-square, p-value, AIC, Mean of Odds ratio, Dispersion and Standard deviation
Output Details Information   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Corresponds to microsatellite data   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Automatically define contingency tables   詳細はRemarksを参照 可能 可能 可能 可能 可能 詳細はRemarksを参照
 Except for the recessive and dominant model
Multiple testing correction         可能 可能 可能 BH or Bootstrap method is available
Linkage Disequilibrium Analysis V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci 1,000  
group 5  
Output Haplotype frequency 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Utilization of EM algorithm
Linkage Disequilibrium coefficient 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Calculate D, D’, D’,(abs) and r2
Chi-square test 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Calculate Chi-square and p-value
Utilization of AIC 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Graphical display of Linkage Disequilibrium (Grid format) 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Graphical display of Linkage Disequilibrium (BMP format) 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Save an analysis result as Excel format 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Graphical display of Linkage Disequilibrium (Grid format only)

可能
 Support Excel 2007(xlsx format)
Utilization of Bootstrap method 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Output LD coefficient, Chi-square, p-value, Mean of AIC, Dispersion and Standard deviation
Corresponds to microsatellite data   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Haplotype Inference V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci Standard 30  
Pro 40  
group 5  
Estimate Haplotype frequency 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Utilization of EM algorithm
Estimate Haplotype frequency in consideration of the missing data 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Estimate Diplotypes of each sample 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Estimate Diplotype distribution 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Save an analysis result as Excel format 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能
 Support Excel 2007 (xlsx format)
Utilization of Bootstrap method 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Output Mean of Haplotype frequency, Dispersion and Standard deviation
Corresponds to microsatellite data   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
htSNP identification   詳細はRemarksを参照 可能 可能 可能 可能 可能 詳細はRemarksを参照
 Output only one set of htSNPs
Save each diplotype combination as text     可能 可能 可能 可能 可能  
Hardy-Weinberg Equilibrium Test V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci 2,560  
group 5  
Chi-square test 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Calculate Chi-square and p-value
Output Details Information   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Corresponds to microsatellite data   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Exact test     可能 可能 可能 可能 可能 Evaluation of exact test and Exact test (Monte carlo simulation)
Save an analysis result as Excel format     可能 可能 可能 可能 可能  
Multiple testing correction           可能 可能 BH or Bootstrap method is available
Cochran-Armitage Trend Test V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci                                    2,560  
group           2  
Chi-square test           可能 可能 Calculate Chi-square and p-value
Output Details Information           可能 可能  
Corresponds to microsatellite data           可能 可能  
Save an analysis result as Excel format           可能 可能  
Multiple testing correction           可能 可能 BH or Bootstrap method is available
Case-Control Haplotype Analysis V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci 10  
group 5  
Testing Haplotype frequency between Populations 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Utilization of Permutation test and Chi-square test
Testing the difference of each Haplotype frequency between groups 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能 Utilization of Permutation test and Chi-square test
Output a graph of Frequency distribution 可能 可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Corresponds to microsatellite data   可能 可能 可能 可能 可能 可能  
Calculation of Odds ratio   可能 可能 可能 可能 可能 可能 Only the case of a 2×2 contingency table
Haplotype Block Analysis V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
loci 1,000  
Gabriel method     可能 可能 可能 可能 可能  
Four Gamete method     可能 可能 可能 可能 可能  
htSNP identification     可能 可能 可能 可能 可能  
Graphical display of Haplotype Block     可能 可能 可能 可能 可能  
Manual selection of Haplotype Block     可能 可能 可能 可能 可能  
LD co-efficient between two blocks     可能 可能 可能 可能 可能 Display the D’-value between two blocks
Chi-square test         可能 可能 可能 可能  
Cooperate with HealthSketch V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 Remarks
Data passing between SNPAlyze and HealthSketch     可能 可能 可能 可能 可能 HealthSketch Ver.1.1 or later is required
Logistic Regression Analysis           可能 可能 可能 HealthSketch Ver.2.5 or later is required